lso Tail-seq - 新使生物公司官网-让核糖体印迹分析变得更简单

从全长转录本出发，重新认识Poly(A)尾调控

Poly(A)尾是真核mRNA 3′端的重要结构，与mRNA稳定性、降解、核输出和翻译调控密切相关。

然而，Poly(A)尾的调控并不只发生在基因水平。同一个基因可以通过可变剪接、可变转录起始和可变多聚腺苷酸化等方式产生多个转录本异构体。不同异构体不仅具有不同的外显子组成和3' UTR结构，也可能具有不同的Poly(A)尾长度，进而表现出不同的稳定性和翻译命运。

常规RNA-seq通常需要将RNA打断后测序，难以直接确定完整的转录本结构，也无法将某一种转录本异构体与其Poly(A)尾长度准确对应起来。

为以更高性价比开展全长转录本与Poly(A)尾联合研究，新使生物正式推出基于ONT平台的Iso Tail-seq技术。

什么是Iso Tail-seq

Iso Tail-seq是新使生物推出的基于ONT长读长平台的全长转录本与Poly(A)尾联合检测技术。

该技术以高质量RNA为起始材料，通过逆转录或PCR扩增获得保留Poly(A)尾对应序列的全长cDNA文库，随后利用ONT平台进行长读长测序。

在cDNA测序数据中，原始RNA的Poly(A)尾以相应的poly(dA)或poly(dT)序列形式被保留下来。通过生信分析，可以在识别全长转录本结构和转录本异构体的同时，对其对应的Poly(A)尾长度进行分析。

技术优势

Iso Tail-seq是新使生物推出的基于ONT长读长平台的全长转录本与Poly(A)尾联合检测技术。

1. 同时获得全长转录本与Poly(A)尾长

一套数据同时解析全长转录本结构、已知及潜在新转录本、可变剪接、转录本表达、3' UTR结构和Poly(A)尾长度。

2. 分辨不同转录本异构体的尾长差异

从基因水平进一步深入到转录本水平，比较同一基因不同异构体之间的Poly(A)尾长差异。

3. 联合解析3' UTR与Poly(A)尾调控

研究可变多聚腺苷酸化、3' UTR延长或缩短是否伴随Poly(A)尾变化。

4. 兼顾转录本表达与尾长变化

联合转录本表达量与Poly(A)尾长度，筛选表达与尾长协同变化或相互独立变化的关键转录本。

5. 样本类型和物种适用范围丰富

适用于动物、植物、微生物以及非模式物种等多种研究体系，尤其适合RNA起始量充足的项目。

6. 更具性价比

相比基于PacBio平台的PAlso-seq2，Iso Tail-seq项目价格低，更适合多组别、多时间点和较大样本量研究。

两种Poly(A)尾检测方案满足不同研究需求

新使生物目前已建立Iso Tail-seq与PAIso-seq2两种Poly(A)尾检测技术，可根据研究目标、样本起始量和项目预算，为不同研究需求提供灵活选择。

◆ A) Iso Tail-seq

Iso Tail-seq基于ONT长读长测序，可同时获得全长转录本异构体与Poly(A)尾长度信息。该技术价格低，适合RNA起始量充足、多组别、多时间点以及较大样本量的研究项目。

◆ B) PAIso-seq2

对于希望进一步精细解析Poly(A)尾内部组成，或者样本起始量有限的研究项目，新使生物还可提供基于PacBio平台的PAIso-seq2技术。

新使生物转化了中国科学院遗传与发育生物学研究所陆发隆团队开发的PAIso-seq2技术，该技术不仅能够同时获取全长转录本与Poly(A)尾长度信息，还可以在单碱基水平分辨Poly(A)尾中的非A碱基，包括U、C和G等，从而系统解析Poly(A)尾的长度、碱基组成及其动态变化。

同时，PAIso-seq2支持微量样本检测，适用于低细胞量、珍贵组织及其他样本量受限的研究场景

Iso Tail-seq与PAIso-seq2如何选择？

研究需求	推荐技术
全长转录本异构体与Poly(A)尾长联合分析	Iso Tail-seq
关注基因及转录本水平的尾长差异	Iso Tail-seq
关注3' UTR长度与Poly(A)尾的关系	Iso Tail-seq
RNA起始量充足、注重项目性价比	Iso Tail-seq
多组别、多时间点或较大样本量研究	Iso Tail-seq
精确分辨Poly(A)尾中的U、C、G等非A碱基	PAIso-seq2
精细解析Poly(A)尾长度与碱基组成	PAIso-seq2
低细胞量、珍贵组织或微量样本	PAIso-seq2

◆ 选择建议 Iso Tail-seq以更高性价比解析全长转录本与Poly(A)尾长；PAIso-seq2面向非A碱基分辨和微量样本等更精细的研究需求

推荐应用方向

不同组织及发育阶段的Poly(A)尾动态研究
胚胎发育与母源—合子转换研究
细胞分化与命运决定研究
应激条件下的mRNA稳定性调控
肿瘤及其他疾病相关转录后调控
可变多聚腺苷酸化与3' UTR调控
可变剪接与Poly(A)尾长联合研究
植物生长发育及逆境响应研究
非模式物种全长转录组与Poly(A)尾研究
多组别、多时间点及较大样本量研究

Iso Tail-seq联合超高分辨率Ribo-seq

从Poly(A)尾变化进一步追踪翻译响应

Poly(A)尾长度变化不一定完全表现为RNA丰度变化，还可能通过影响Poly(A)结合蛋白募集、mRNA闭环形成及翻译起始，进一步调控蛋白质合成。

将Iso Tail-seq与新使生物超高分辨率Ribo-seq联合，可以同时回答：

哪些转录本的Poly(A)尾发生延长或缩短？
这些转录本的表达量是否发生变化？
同一基因的不同异构体是否具有不同的尾长？
Poly(A)尾变化是否伴随翻译效率改变？
不同3' UTR异构体是否表现出不同的翻译活性？

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