MeRIP-seq是什么
MeRIP-seq又称m⁶A-seq,其基本原理是将RNA片段化后,利用m⁶A特异性抗体对含有m⁶A修饰的RNA片段进行免疫沉淀富集,同时保留未经免疫沉淀的Input RNA作为对照。随后分别进行高通量测序,通过比较IP与Input信号,在转录组范围内鉴定m⁶A富集区域。
MeRIP-seq流程
RNA经提取与质控后,可根据研究对象选择Poly(A)富集或去rRNA方案。随后进行RNA片段化、m⁶A抗体免疫沉淀、IP与Input文库构建、高通量测序及生物信息分析。
MeRIP-seq实验流程
图1 MeRIP-seq实验流程示意图
通过m⁶A抗体富集含有修饰的RNA片段,并结合Input背景信号,可以在转录组范围内获得m⁶A Peak分布图谱。
◆ 需要注意 由于免疫沉淀片段通常具有一定长度,MeRIP-seq鉴定的是m⁶A富集区域,而不是单个腺苷位点,其信号也不直接等同于m⁶A修饰比例。
MeRIP-seq主要回答以下问题
01. m⁶A变化是否与RNA表达、稳定性或翻译调控相关?
02. 不同处理或表型之间,哪些m⁶A富集区域发生变化?
03. m⁶A修饰主要分布在哪些转录区域?
04. 哪些转录本可能发生了m⁶A修饰?
05. m⁶A相关基因参与了哪些生物学通路?
◆ 技术定位 MeRIP-seq适合开展全转录组范围的m⁶A富集区域筛查,尤其适用于多组样本之间的差异m⁶A分析。
两种MeRIP-seq方案,满足不同研究需求
RNA富集方式会直接影响MeRIP-seq所覆盖的RNA类型。针对不同研究目的,新使生物提供Poly(A)富集法和去rRNA法两种技术方案。
01.Poly(A)富集法MeRIP-seq
利用Oligo(dT)磁珠富集带有Poly(A)尾的RNA,随后进行片段化、m⁶A抗体富集及测序分析。主要特点:
重点覆盖成熟的Poly(A) + RNA
以蛋白编码mRNA为主要研究对象
有效降低rRNA等高丰度RNA的干扰
测序数据更集中于常规转录本区域
适合研究m⁶A与mRNA稳定性、剪接及翻译调控的关系
方案提示
该方案主要富集带有Poly(A)尾的RNA,因此对不带Poly(A)尾或Poly(A)状态特殊的RNA覆盖相对有限。
02.去rRNA法MeRIP-seq
通过去除高丰度核糖体RNA,在保留更广泛RNA类型的基础上进行m⁶A免疫沉淀和测序。主要特点:
不依赖Poly(A)尾进行RNA富集
可覆盖更广泛的编码及非编码RNA
保留更多转录组信息
适合开展更全面的m⁶A修饰图谱研究
有利于研究部分非Poly(A) RNA及长链非编码RNA
方案提示
由于保留的RNA种类更加丰富,去rRNA方案的数据组成也更加复杂。对于特定RNA类型的研究,还需要结合样本特征、RNA完整性、测序深度和分析目标综合设计实验。
MeRIP-seq与GLORI-seq有什么区别?
新使生物现已建立从m⁶A区域筛查到单碱基定位与定量分析的多层次技术体系。
◆ MeRIP-seq:适合开展m⁶A富集区域筛查
MeRIP-seq采用m⁶A抗体富集含有修饰的RNA片段,适合全转录组范围筛查m⁶A富集区域,进行差异Peak分析。
需要注意的是,MeRIP-seq的结果通常为一定范围的富集区域,难以直接确定区域内具体哪一个腺苷发生了m⁶A修饰,也不能直接获得每个位点的绝对修饰比例。
◆ GLORI-seq:实现m⁶A单碱基定位与定量
新使生物已有GLORI-seq 2.0/3.0技术服务。GLORI-seq是一种非抗体依赖的m⁶A检测技术,其原理是利用化学反应使未修饰腺苷发生脱氨转化,而m⁶A由于甲基保护作用得以保留,从而实现m⁶A位点的单碱基分辨率检测和修饰水平定量。
该技术源自北京大学伊成器团队,适合对m⁶A位点进行更精细的定位和定量研究。
◆ 新使生物GLORI-seq技术体系 GLORI-seq 2.0支持低起始量样本的m⁶A单碱基定位与定量;GLORI-seq 3.0进一步面向超微量样本。
两种技术如何选择?
| 比较项目 |
MeRIP-seq |
GLORI-seq 2.0/3.0 |
| 检测原理 |
m⁶A抗体免疫富集 |
化学转化 |
| 是否依赖抗体 |
是 |
否 |
| 检测结果 |
m⁶A富集区域 |
单碱基m⁶A位点 |
| 分辨率 |
区域级 |
单碱基级 |
| 修饰比例定量 |
不能直接绝对定量 |
可进行位点修饰水平绝对定量 |
| 适合场景 |
全局筛查、多组比较、差异Peak分析 |
精确定位、修饰比例分析、低起始量研究 |
| 方案类型 |
Poly(A)富集或去rRNA |
GLORI-seq 2.0/3.0 |
◆ 一句话理解 MeRIP-seq回答哪些RNA区域可能存在m⁶A富集?GLORI-seq回答具体哪个腺苷发生了m⁶A修饰,修饰比例是多少?
新使生物专业翻译组学技术平台
新使生物NeoRibo长期专注于翻译组学技术研发与应用,已构建覆盖核糖体翻译、tRNA解码、RNA修饰及Poly(A)尾调控等多个层面的技术体系,提供从整体翻译活性、基因翻译效率到密码子分辨率翻译行为的系统解决方案,全面解析转录后及翻译过程中的精细调控机制。