MeRlP-seq技术服务

全面解析m⁶A修饰图谱

从m⁶A修饰出发,理解RNA命运与翻译调控

m⁶A是真核生物RNA中最常见的内部修饰之一,广泛参与RNA剪接、核输出、稳定性、降解及翻译调控。

作为连接RNA命运与蛋白质合成的重要调控层,m⁶A可通过不同识别蛋白影响mRNA稳定性、翻译起始和核糖体募集,进而改变mRNA的翻译效率和蛋白质表达。

因此,仅分析RNA表达量往往不足以解释最终的蛋白质表达变化,解析m⁶A修饰与翻译之间的关系,是理解转录后调控机制的重要方向。

MeRIP-seq服务上线

新使生物在已有GLORI-seq 2.0/3.0技术服务的基础上,推出MeRIP-seq技术服务,并针对不同研究对象提供Poly(A)富集型和去rRNA富集型两种方案。

MeRIP-seq适用于全转录组m⁶A富集区域筛查及多组样本间的差异Peak分析;而GLORI-seq 2.0/3.0则可进一步实现m⁶A位点的单碱基定位与修饰水平绝对定量。

两种技术相互补充,共同构建从“区域发现”到“位点确认与定量”的多层次m⁶A检测体系。

进一步结合新使生物超高分辨率Ribo-seq、全景tRNA-seq等翻译组学技术,可从m⁶A富集区域、单碱基位点、修饰比例及翻译响应等多个层面,系统解析m⁶A修饰对RNA命运、密码子解码与蛋白质合成的调控机制。

GLORI-seq
点击图片查看GLORI-seq技术详细介绍
MeRIP-seq是什么

MeRIP-seq又称m⁶A-seq,其基本原理是将RNA片段化后,利用m⁶A特异性抗体对含有m⁶A修饰的RNA片段进行免疫沉淀富集,同时保留未经免疫沉淀的Input RNA作为对照。随后分别进行高通量测序,通过比较IP与Input信号,在转录组范围内鉴定m⁶A富集区域。

MeRIP-seq流程

RNA经提取与质控后,可根据研究对象选择Poly(A)富集或去rRNA方案。随后进行RNA片段化、m⁶A抗体免疫沉淀、IP与Input文库构建、高通量测序及生物信息分析。

MeRIP-seq实验流程
MeRIP-seq实验流程
图1 MeRIP-seq实验流程示意图

通过m⁶A抗体富集含有修饰的RNA片段,并结合Input背景信号,可以在转录组范围内获得m⁶A Peak分布图谱。

需要注意 由于免疫沉淀片段通常具有一定长度,MeRIP-seq鉴定的是m⁶A富集区域,而不是单个腺苷位点,其信号也不直接等同于m⁶A修饰比例。
MeRIP-seq主要回答以下问题
01. m⁶A变化是否与RNA表达、稳定性或翻译调控相关?
02. 不同处理或表型之间,哪些m⁶A富集区域发生变化?
03. m⁶A修饰主要分布在哪些转录区域?
04. 哪些转录本可能发生了m⁶A修饰?
05. m⁶A相关基因参与了哪些生物学通路?
技术定位 MeRIP-seq适合开展全转录组范围的m⁶A富集区域筛查,尤其适用于多组样本之间的差异m⁶A分析。
两种MeRIP-seq方案,满足不同研究需求

RNA富集方式会直接影响MeRIP-seq所覆盖的RNA类型。针对不同研究目的,新使生物提供Poly(A)富集法和去rRNA法两种技术方案。

01.Poly(A)富集法MeRIP-seq
利用Oligo(dT)磁珠富集带有Poly(A)尾的RNA,随后进行片段化、m⁶A抗体富集及测序分析。主要特点:
重点覆盖成熟的Poly(A) + RNA
以蛋白编码mRNA为主要研究对象
有效降低rRNA等高丰度RNA的干扰
测序数据更集中于常规转录本区域
适合研究m⁶A与mRNA稳定性、剪接及翻译调控的关系
方案提示 该方案主要富集带有Poly(A)尾的RNA,因此对不带Poly(A)尾或Poly(A)状态特殊的RNA覆盖相对有限。
02.去rRNA法MeRIP-seq
通过去除高丰度核糖体RNA,在保留更广泛RNA类型的基础上进行m⁶A免疫沉淀和测序。主要特点:
不依赖Poly(A)尾进行RNA富集
可覆盖更广泛的编码及非编码RNA
保留更多转录组信息
适合开展更全面的m⁶A修饰图谱研究
有利于研究部分非Poly(A) RNA及长链非编码RNA
方案提示 由于保留的RNA种类更加丰富,去rRNA方案的数据组成也更加复杂。对于特定RNA类型的研究,还需要结合样本特征、RNA完整性、测序深度和分析目标综合设计实验。
MeRIP-seq与GLORI-seq有什么区别?

新使生物现已建立从m⁶A区域筛查到单碱基定位与定量分析的多层次技术体系。

MeRIP-seq:适合开展m⁶A富集区域筛查
MeRIP-seq采用m⁶A抗体富集含有修饰的RNA片段,适合全转录组范围筛查m⁶A富集区域,进行差异Peak分析。
需要注意的是,MeRIP-seq的结果通常为一定范围的富集区域,难以直接确定区域内具体哪一个腺苷发生了m⁶A修饰,也不能直接获得每个位点的绝对修饰比例。
GLORI-seq:实现m⁶A单碱基定位与定量
新使生物已有GLORI-seq 2.0/3.0技术服务。GLORI-seq是一种非抗体依赖的m⁶A检测技术,其原理是利用化学反应使未修饰腺苷发生脱氨转化,而m⁶A由于甲基保护作用得以保留,从而实现m⁶A位点的单碱基分辨率检测和修饰水平定量。
该技术源自北京大学伊成器团队,适合对m⁶A位点进行更精细的定位和定量研究。
新使生物GLORI-seq技术体系 GLORI-seq 2.0支持低起始量样本的m⁶A单碱基定位与定量;GLORI-seq 3.0进一步面向超微量样本。
两种技术如何选择?
比较项目 MeRIP-seq GLORI-seq 2.0/3.0
检测原理 m⁶A抗体免疫富集 化学转化
是否依赖抗体
检测结果 m⁶A富集区域 单碱基m⁶A位点
分辨率 区域级 单碱基级
修饰比例定量 不能直接绝对定量 可进行位点修饰水平绝对定量
适合场景 全局筛查、多组比较、差异Peak分析 精确定位、修饰比例分析、低起始量研究
方案类型 Poly(A)富集或去rRNA GLORI-seq 2.0/3.0
一句话理解 MeRIP-seq回答哪些RNA区域可能存在m⁶A富集?GLORI-seq回答具体哪个腺苷发生了m⁶A修饰,修饰比例是多少?
选择合适的技术,回答不同层次的m⁶A问题
MeRIP-seq负责全局筛查
快速描绘不同样本的m⁶A富集图谱,筛选差异修饰区域和关键候选转录本。
GLORI-seq负责精准解析
对候选区域进行单碱基定位和修饰比例分析,明确具体m⁶A位点及其动态变化。
联合RNA-seq与Ribo-seq解析功能
完整证据链
m⁶A修饰变化→RNA丰度或稳定性变化→核糖体占据与翻译效率变化→蛋白表达及生物学表型改变
新使生物专业翻译组学技术平台

新使生物NeoRibo长期专注于翻译组学技术研发与应用,已构建覆盖核糖体翻译、tRNA解码、RNA修饰及Poly(A)尾调控等多个层面的技术体系,提供从整体翻译活性、基因翻译效率到密码子分辨率翻译行为的系统解决方案,全面解析转录后及翻译过程中的精细调控机制。

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