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在转录与蛋白合成之间,有一道重要的桥梁——翻译中的mRNA,即活跃翻译转录本。
RNC-seq(Ribosome-Nascent chain Complex RNA-seq)是以核糖体-新生肽链复合物(RNC)为对象,富集正在翻译的mRNA,随后进行RNA测序。
1. 样本处理及质检
2. 超速离心富集RNC复合物
3. 提取结合RNC的RNA
4. 建库和测序
在RNC-seq项目中,样本富集方式直接决定了后续数据的分辨率和可信度。
目前常见2种富集核糖体-核酸复合物(RNC)方法:
A)树脂柱(MicroSpin S-400 HR)分离法:基于分子大小进行柱分离,对大分子复合物进行富集。
富集目标 | 特点 | 存在问题 |
大分子复合物(粗分离) | 操作简便、成本低 | 分辨率有限,其他大分子会共流出导致背景高、过柱过程可能导致RNC解离,实验重复性低 |
富集目标 | 特点 | 存在问题 |
核糖体及其复合物(高纯度) | 高纯度、高特异性、重复性较好 | 仪器成本高、操作繁琐、门槛较高 |
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1. 适用多物种:哺乳动物、植物、真菌
2. 适配多种细胞系与组织样本
3. 新使生物拥有完善的仪器设备和丰富的翻译组技术经验。
4. RNC-seq项目灵活选择RNA提取方式
5. 翻译组技术服务全覆盖(见下文 08其他服务)
1. 原始测序数据(FASTQ)
1. 肿瘤在药物干预下的翻译响应分析
2. 某转录因子敲除对下游mRNA翻译效率的影响
3. 逆境胁迫下生物翻译重编程机制研究
1. Polysome profiling(多聚核糖体分析)
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