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Nat Aging丨Ribo-seq应用:人脑微肽图谱揭示阿尔茨海默病新线索
09-18
导读对神经退行性疾病分子机制的深入理解,要求我们全面绘制基因组的蛋白质编码产物。尽管数以千计的小开放阅读框(smORFs)在人脑中被翻译,但对其编码的微蛋白(MPs)(通常小于100-150个氨基酸)的蛋白质组学证据仍然十分有限。由于MPs和编码它们的基因在历史上被排除在标准参考基因组数据库...
Cell Rep丨核糖体如何读懂AUG周边的RNA密码
09-17
导读真核生物的翻译起始是一个受到高度调控的复杂过程,涉及信使核糖核酸(mRNA)上的顺式调控序列与多种反式作用因子的协同作用。扫描型43S预起始复合物在mRNA上的起始密码子选择是翻译起始中最关键的步骤,它直接决定了蛋白质的氨基酸序列及其功能。起始密码子选择的严谨性主要由真核翻译起始...
NAR丨翻译的博弈:神经元如何通过改变密码子严谨性助推RAN翻译
09-17
导读短串联重复扩增与六十多种神经系统疾病密切相关,包括C9orf72相关的肌萎缩侧索硬化症(ALS)和额颞叶痴呆(FTD)。其RNA重复扩增可通过非AUG(RAN)翻译产生有毒二肽重复蛋白,聚集于患者大脑并导致神经退行性病变。经典的翻译起始依赖于eIF4E等起始因子与mRNA的5'帽结合...
Mol Cell丨mRNA远端折叠决定细菌翻译效率
09-16
导读信使RNA(mRNA)二级结构是决定细菌基因表达的关键因素。诸如茎环、假结和G-四链体等结构元件能够极大地改变mRNA的转录、降解或翻译过程。目前的认知主要集中在短程的局部结构上,例如发夹结构或核糖开关。核糖体结合位点(RBS)的开放程度是决定翻译起始效率的关键因素。RBS附近的...
综述 | Ribo-seq应用:寻找人类暗蛋白质组
09-16
导读人类基因组不仅包含经典的编码蛋白质基因,还包含大量非经典编码区,但后者的翻译产物长期以来处于未被充分探索的“暗区”。尽管核糖体印迹分析和免疫肽组学等技术证实了这些区域能够翻译出微蛋白(共同构成“暗蛋白质组”),但如何将翻译噪音与具备生物学功能的非经典开放阅读框(ncORFs)区分...
Science | Ribo-seq应用:用CRISPR打开核糖体RNA开关操控翻译和干细胞命运
09-15
导读蛋白质翻译速率在不同细胞类型之间存在显著差异,但这些差异如何受到调控及其对细胞行为的重要性仍不清楚。既往研究主要关注哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)等生长信号通路,以及翻译起始因子、RNA结合蛋白和非编码RNA对特定信使RNA(mRNA)翻译的调控。相比之下,作为蛋白质合成核...
Curr Biol丨“断”处逢生——章鱼核糖体核心区的演化巧思
09-14
导读章鱼展现出与复杂脊椎动物相媲美的高级复杂行为和庞大神经系统。然而与其它无脊椎动物相比其基因组并没有表现出巨大的新颖性因此这种复杂适应性是如何在进化过程中产生的仍是一个未解之谜。蛋白质组多样性的转录后调节一直被认为是促进头足类动物神经系统复杂化的重要机制。核糖体(ribosome)作为...
Vita丨m⁶A测序应用:复旦大学叶丹/陈磊蕾/蓝斐/熊跃合作揭示衣康酸调控RNA m⁶A修饰以沉默内源性逆转录病毒
09-12
导读内源性逆转录病毒(ERVs)是古代逆转录病毒整合并遗留在宿主基因组中的序列残留,约占人类基因组的8%。在生理稳态下,ERVs通过组蛋白修饰、DNA甲基化和RNA甲基化等多层表观遗传机制被严格沉默。巨噬细胞作为固有免疫应答的前线效应细胞,在遭遇炎症、病原体感染或细胞应激时极易发生染...
Sci Bull丨Poly(A)尾测序应用:范衡宇/陆发隆/嵇姝妍揭示母源PAN2通过维持poly(A)尾稳态驱动卵母细胞-早期胚胎转换
09-11
导读真核生物中mRNA降解受到去腺苷酸化的限速调控,PAN2-PAN3复合物先缩短poly(A)尾,随后CCR4-NOT复合物完成近端去腺苷酸化。PAN2是催化亚基,PAN3作为支架通过PABP将PAN2招募至mRNA。卵母细胞生长过程中会预先合成并储存大量母源mRNA和蛋白,转录在细胞生长到合适...
Cell Rep丨Ribo-seq应用:EBV编码的snoRNA通过rRNA甲基化调控翻译与病毒裂解
09-11
导读EBV是一种普遍存在的人类γ-疱疹病毒,全球超过90%的成年人被感染。该病毒与多种恶性肿瘤(如伯基特淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤)和自身免疫性疾病的发生密切相关。EBV主要感染B淋巴细胞和上皮细胞,并在其中建立终身潜伏感染。在潜伏期,病毒基因组以核内附加体的形式存在,表达一组有限的病毒产...
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