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新使生物旨在为研究者提供强大的工具
Nature丨果蝇的童年营养记忆与蛋白质翻译的长寿秘密
09-27
导读饮食限制作为一种经典的干预手段,已被证实能够在跨物种的生物体中延缓衰老并延长寿命。早期生命阶段的短暂营养调控对成年期的生理机能和寿命具有深远且持久的影响,这种现象通常被称为营养编程。尽管早在近一个世纪前就在大鼠和大型溞等模式生物中观察到幼年期饮食限制可延长寿命,但其背后的机制...
NC | Ribo-seq应用:戴鹏/周宇团队揭示LENG8颗粒调控选择性多聚腺苷酸化新机制
09-24
导读选择性多聚腺苷酸化(APA)是一种高度动态的共转录调控过程,通过产生不同3' UTR长度的转录本增加mRNA多样性。3' UTR长度的差异直接影响mRNA的核输出、亚细胞定位、稳定性及翻译效率,其调控紊乱与男性不育、癌症等多种重大疾病密切相关。前体mRNA的裂解与多聚腺苷酸化(...
Cell Rep Med丨Ribo-seq应用:姜正羽/许可/周君揭示鞣花酸抑制三阴性乳腺癌的新策略
09-22
导读N⁶-甲基腺苷(m⁶A)是真核生物信使RNA(mRNA)上丰度最高的内部化学修饰并参与调控RNA代谢全过程。该修饰通过甲基转移酶安装与去甲基化酶清除,其最终生物学效应主要由m⁶A识别蛋白进行解码。YT521-B同源结构域(YTH domain)家族阅读蛋白包含YTHDF1、YTHDF2和YTH...
Commun Biol丨Polysome Profiling应用:细胞翻译的热敏感性限制裂殖酵母高温生长
09-21
导读生物体的生存与运作存在着一个不可逾越的热极限边界。升高的温度是损害生物体生长发育的主要应激条件之一,它会导致蛋白质变性以及其他细胞大分子的热损伤。为了抵御并在这种应激条件下存活,细胞会激活热休克反应(HSR)以重新编程基因表达并诱导热休克蛋白(HSPs)的合成。绝大多数HSPs...
Cell丨Disome-seq应用:病毒如何利用核糖体碰撞实现翻译重编程
09-20
导读程序性核糖体移码(PRF)使单个mRNA通过一个核苷酸移位控制两个重叠ORF的表达。这种策略在包括冠状病毒、甲型流感病毒和人类免疫缺陷病毒(HIV)在内的RNA病毒中广泛保守,通常由复杂的RNA二级结构与滑动序列共同介导。虽然PRF通常被认为是病毒为了压缩基因组或微调病毒蛋白化...
Nat Aging丨Ribo-seq应用:人脑微肽图谱揭示阿尔茨海默病新线索
09-18
导读对神经退行性疾病分子机制的深入理解,要求我们全面绘制基因组的蛋白质编码产物。尽管数以千计的小开放阅读框(smORFs)在人脑中被翻译,但对其编码的微蛋白(MPs)(通常小于100-150个氨基酸)的蛋白质组学证据仍然十分有限。由于MPs和编码它们的基因在历史上被排除在标准参考基因组数据库...
Cell Rep丨核糖体如何读懂AUG周边的RNA密码
09-17
导读真核生物的翻译起始是一个受到高度调控的复杂过程,涉及信使核糖核酸(mRNA)上的顺式调控序列与多种反式作用因子的协同作用。扫描型43S预起始复合物在mRNA上的起始密码子选择是翻译起始中最关键的步骤,它直接决定了蛋白质的氨基酸序列及其功能。起始密码子选择的严谨性主要由真核翻译起始...
NAR丨翻译的博弈:神经元如何通过改变密码子严谨性助推RAN翻译
09-17
导读短串联重复扩增与六十多种神经系统疾病密切相关,包括C9orf72相关的肌萎缩侧索硬化症(ALS)和额颞叶痴呆(FTD)。其RNA重复扩增可通过非AUG(RAN)翻译产生有毒二肽重复蛋白,聚集于患者大脑并导致神经退行性病变。经典的翻译起始依赖于eIF4E等起始因子与mRNA的5'帽结合...
Mol Cell丨mRNA远端折叠决定细菌翻译效率
09-16
导读信使RNA(mRNA)二级结构是决定细菌基因表达的关键因素。诸如茎环、假结和G-四链体等结构元件能够极大地改变mRNA的转录、降解或翻译过程。目前的认知主要集中在短程的局部结构上,例如发夹结构或核糖开关。核糖体结合位点(RBS)的开放程度是决定翻译起始效率的关键因素。RBS附近的...
综述 | Ribo-seq应用:寻找人类暗蛋白质组
09-16
导读人类基因组不仅包含经典的编码蛋白质基因,还包含大量非经典编码区,但后者的翻译产物长期以来处于未被充分探索的“暗区”。尽管核糖体印迹分析和免疫肽组学等技术证实了这些区域能够翻译出微蛋白(共同构成“暗蛋白质组”),但如何将翻译噪音与具备生物学功能的非经典开放阅读框(ncORFs)区分...
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