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助力健康
发掘疾病靶点
新使生物旨在为研究者提供强大的工具
NC | Ribo-seq揭示HIV-1的隐藏抗原,为疫苗研究开辟新天地
02-21
导读人类基因组的开放阅读框(ORF)长期以来通过经典标准进行注释,要求具有AUG和终止密码子,并能编码超过100个氨基酸。近期研究发现,成千上万的小ORF(sORF)编码的多肽或微蛋白质通常小于100个氨基酸,并广泛分布在基因组中,尤其是5'非翻译区(UTR)。这些sORF对DNA修复...
Mol Cell | Ribo-seq应用:揭秘整合应激反应如何调控哺乳动物的18S非功能性rRNA衰变
02-18
导读核糖体通过小亚基的解码中心和大亚基的肽酰转移酶中心调控基因表达。在酿酒酵母中,影响18S或25S rRNA的突变通过非功能性rRNA降解(NRD)途径下调,分为18S NRD和25S NRD。尽管这已在酿酒酵母中发现,但NRD的机制在哺乳动物中尚不清楚。细胞应对压力时,会通过eIF2α磷酸化...
NCB | Polysome profiling应用:揭秘癌症翻译密码——RBM42如何精准调控致癌基因表达
02-14
导读癌基因mRNA编码的蛋白剂量严格受控,以维持正常细胞稳态,而癌细胞则依赖高水平的癌基因蛋白以促进生长和生存。其中,Myc作为关键转录因子,在癌症中需维持高表达,对肿瘤发生至关重要,但其转录后调控机制仍不清楚。5′ UTR介导的转录本特异性翻译控制可能是调节Myc表达的关键。尽管5′ U...
NAR | Ribo-seq应用:揭秘线粒体无5' UTR mRNA翻译——起始tRNA和密码子的选择如何影响能量生成
02-11
导读哺乳动物线粒体具有独特的蛋白质合成系统,专门合成氧化磷酸化复合体的13个亚基。其翻译机制类似于细菌,但已演化出特异性功能,如合成疏水性膜蛋白并促进共翻译膜插入。翻译因子虽保留细菌同源核心结构,但常有额外序列,以增强与核糖体、tRNA和mRNA的特异性相互作用。线粒体DNA编码13种...
Mol Cell | Ribo-seq应用:METTL1——超越甲基转移酶,促进tRNA氨酰化与癌变!
02-07
导读癌症基因组是由突变塑造的,这些突变改变了DNA的序列或结构,并伴随着肿瘤演化。对单个基因反复突变的识别推动了致癌基因和肿瘤抑制基因的发现,但多基因遗传损伤(如染色体数目异常或局部拷贝数改变)在癌症中普遍存在,目前尚不清楚哪些基因驱动肿瘤演化,哪些为“乘客基因”。这种区分对癌症...
NC | 深度学习解码正常与癌组织中的RNA翻译位点
02-05
RNA翻译调控决定蛋白质丰度,尤其在癌症等疾病中受多种遗传与非遗传因素影响。RNA翻译是一个复杂的过程,由40S和60S核糖体亚基依次结合RNA,并伴随多种真核起始因子及辅助因子,最终形成活性核糖体。核糖体印迹分析(Ribo-seq)近年来广泛用于评估mRNA的翻译效率,精准挖掘非典型开放阅...
Cell | Ribo-seq应用:共翻译蛋白质复合物组装的结构决定因素
01-24
导读生物大分子的结构对细胞功能至关重要,蛋白质的结构涉及折叠成三维结构和组装成多组分复合物。蛋白质折叠的生物物理研究主要集中在小型球状蛋白质上,但这些仅占细菌蛋白组的不到10%,其余90%的蛋白质更易错折叠或聚集,尚未深入探讨。蛋白质复合物的组装可以是翻译后或共翻译过程。共翻译组装是指...
DC | Polysome profiling应用:斑马鱼胚胎发育中5′ UTR在翻译调控中的作用景观
01-21
导读翻译调控在胚胎发生中决定蛋白质合成的时机和程度。经典的真核翻译起始需要核糖体前起始复合物(PIC)先招募到5'帽结构,再扫描5'非翻译区(UTR),直到找到起始密码子,这使得5' UTR成为选择性翻译的调控点,而翻译起始可能是蛋白质合成的限速步骤。5' UTR包含影响翻...
Cell Rep | Polysome profiling应用:核糖体与P-stalk蛋白功能多样化调控晚期痘病毒蛋白合成
01-17
导读核糖体被认为是高度精确的代码读取机器,翻译效率主要由mRNA的序列和结构以及翻译因子活性决定。大多数mRNA通过帽依赖机制启动翻译,由约30种真核起始因子(eIFs)控制。近年来,核糖体功能多样化的认识逐步深入,有部分核糖体蛋白(RP)被认为是可缺失的,只对特定mRNA翻译必需。RP...
Cell Rep | 人类TRMT1和TRMT1L同源基因确保tRNA的正确修饰状态、稳定性和功能
01-14
导读tRNA中已被发现超过100种转录后修饰,许多修饰在tRNA的折叠、生物合成及基因表达调控中发挥关键作用,并影响发育、应激反应及肿瘤发生。大脑对tRNA修饰异常尤为敏感,相关酶的缺陷与多种认知障碍相关。然而,人类tRNA修饰酶的功能机制尚存诸多未知。酵母中Trm1p是最早被鉴定的tRNA...
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